日本商工会議所・東京商工会議所が発表した「中小企業におけるインボイス制度、電子帳簿保存法、バックオフィス業務の実態調査」結果（有効回答数3149者）によると、インボイス発行事業者への登録状況は、制度導入前、免税事業者だった事業者のうち、ＢｔｏＢ中心事業者では73.3％（「本則課税転換」22.6％、「簡易課税転換」50.7％）、ＢｔｏＣ中心事業者では24.9％（同9.5％、15.4％）がインボイス発行事業者登録を行っている。

 
　
　約26％のＢｔｏＢ中心事業者がインボイス登録を行わなかったが、その主な理由（複数回答）は、「新たな事務負担が発生」（57.1％）、「新たな税負担が発生」（47.1％）が多くを占め、「取引先からの要請がなかった」も34.3％あった。また、インボイス登録を行わなかった免税事業者のうち、ＢｔｏＢ中心事業者の64.0％が今後登録を検討、ＢｔｏＣ中心事業者の約７割（69.5％）が今後も申請を行わない意向を示している。

 

　免税事業者からインボイス登録（課税転換）した事業者の状況は、「減収」が54.9％。「変わらない」が41.3％で「増収」はわずか3.8％だった。また、免税事業者がインボイス登録した場合、納税額を売上税額の２割に軽減する特例措置（2026年９月末で終了予定）があるが、事業者の85.5％が２割特例を適用し、２割特例を適用した事業者の85.2％が｢スムーズに消費税申告できた｣と回答した。