低未利用土地の譲渡に係る100万円控除制度は、地方部を中心に全国的に空き地・空き家が増加するなか、政府の「空き家対策」として登場した制度。新たな利用意向を示す者への土地の譲渡を促進するため、個人が保有する低未利用土地等を譲渡した場合の長期譲渡所得の金額から100万円を控除する税制の優遇措置である。土地の有効活用を通じた投資の促進、地域活性化、更なる所有者不明土地の発生の予防を図ることを目的に、2020年７月１日から開始している。

まだ新しい制度であるため、制度の概要等が知られていないが、具体的には、個人が、2020年７月１日から2022年12月31日までの間において、都市計画区域内にある一定の低未利用土地等を500万円以下で売った場合には、その年の低未利用土

地等の譲渡に係る譲渡所得の金額から100万円を控除することができるものだ。その譲渡所得の金額が100万円に満たない場合には、その譲渡所得の金額が控除額になる。

この特例の適用要件の一つに売った年の１月１日において所有期間が５年を超えることがあるので、土地の譲渡は、長期譲渡所得となりその20％（所得税＋住民税）と復興特別所得税2.1％が課税される。特例が適用できれば、最大100万円が控除されるので、控除額の22.1％分、最大約22万円の減税となる。この特例措置は、売却時の負担感を軽減することで売却インセンティヴを付与し、土地に新たな価値を見出す者への譲渡を促進する。