2020年分の確定申告期限が2021年４月15日に延長されたことに伴い、振替納税を利用者の振替納付日についても、所得税及び復興特別所得税の確定申告が５月31日（延長前４月19日）、個人事業者の消費税及び地方消費税の確定申告が５月24日（同４月23日）に延長されている。国税庁では、確実に振替納付できるよう、振替納付日の前日までに預貯金残高を確認するよう呼びかけている。
申告・納付期限の延長に伴う振替納付日の変更により、所得税等の振替納付日が延納期限と同一日（2021年５月31日）となるため、確定申告書に延納届出額を記載した場合であっても、上記振替納付日に確定申告に基づく納付税額の全額が引落しされるので留意したい。また、期限内納付や、振替口座の残高不足等で振替納税ができなかった場合には、延長後の納期限（４月15日）の翌日から納付する日までの期間について延滞税がかかる。
この場合、金融機関（日本銀行歳入代理店）又は所轄の税務署の納税窓口で本税と延滞税を併せて納付することになる。国税庁では、納付書は税務署又は所轄の税務署管内の金融機関に用意されているが、金融機関に納付書がない場合には、所轄の税務署に連絡するよう呼びかけている。
なお、2021年中における延滞税の割合は、(1)納期限の翌日から２ヵ月を経過する日までは、年2.5％、(2)納期限の翌日から２ヵ月を経過する日の翌日以後については、年8.8％となっている。